Hallo Peter und willkommen im Forum.
In Deiner Beschreibung Deines Workflows vermisse ich den Anfang und das Mittelstück.
Spiele doch Mal mit dem Schärfetiefenrechner von
www.erik-krause.de herum und gebe als Schärfekreis den doppelten Pixelabstand Deines Sensors ein.
Wähle Beugungsunschärfe einberechnen aus und Du siehst, dass nicht ALLES scharf ist.
Mache mit Deinem Objektiv eine Blenden und Entfernungseinstellungsreihe und vergleiche die Schärfe (Nahpunkt vermutlich Stativhöhe und Fernpunkt unendlich) am Rechner.
Wähle die beste Entfernungseinstellung und Blendeneinstellung aus.
Dann solltest Du die Bilder in RAW aufgenommen haben und diese dann in einem geeigneten RAW-Konverter in Tiff Dateien konvertieren, ein wenig geschärft.
Diese Tiffs dann in PTGui einlesen.
Danach lasse ich nur ein 100%jpg von PTGui erstellen und lasse dies mit glaub ich 85% Bildqualität von Pano2VR in Kacheln mit 2700 Pixel Würfelkantenläge die Tiles erstellen.
Wenn Dir meine Schärfe ausreichend ist, liegt es also nicht an dem Workflow, den Du am Ende auf 100% bemühst. Da ist eher Datentransfer und Schnelligkeit gefragt.
Viel Erfolg
Richard
P.S.: Beurteile Deine Einzelaufnahmen bei 100% Auflösung, mit denen Du PTGui füttern willst. Schärfer wird es dann nicht mehr.