Evtl. schaut Hugin in den EXIFs nach, da steht zum Beispiel:
Aufnahmemodus : Continuous, Exposure Bracketing
Außerdem kann dort die Aufnahmereihenfolge herausgelesen werden, wie z.B.: -, 0, +
Ob Du dann allerdings alle Exifs ändern willst und die Bilder in die entsprechende Reihenfolge bringen willst, ist fraglich.
Außerdem sind die Aufnahmen sicherlich nicht pixelgenau deckungsgleich.
Wäre es nicht eine Überlegung Wert, die HDRs extern zu erstellen und dann in Hugin zu stitchen. Das gibt vermutlich auch das bessere Ergebnis und dürfte obendrein schneller sein.