Das Format eines kompletten Kugelpanoramas ist immer genau 2:1 in der equirectangularen Projektion bzw. Abwicklung.
Wenn Du 4:1 hast, fehlt eben Bildmaterial in Nadir und Zenit (sozusagen an Süd- und Nordpol).
Ich habe noch nicht versucht, so ein Bild in PTGui einzulesen; möglicherweise geht das auch direkt.
Zieh es mal als erstes Bild auf PTGui, dann erweitere die Buttonleiste mit dem Advanced-Knopf, gehe auf Lens settings, und wähle die Objektiveinstellung "Equirectangular". Setzen den horizontalen Winkel auf 360° (ich gehe davon aus, dass Du ein geschlossenes Zylinderpano hast, sonst gehört dort ein anderer Winkelwert hin.
Wenn das fertig ist, kannst Du weitere Bilder hinzuholen, und diese dort hinschieben, wo Du sie brauchst. Details zu diesem Schritt und die notwendigen Einstellungen kann ich Dir mangels Erfahrung nicht erklären. Die zugefügten Einzelbilder haben andere Objektivparameter, und ich weiß nicht, wo man diese einstellt.
Wenn es Dir gelingt, die richtigen Kontrollpunkte zur Deckung zu bringen, ist der weitere Ablauf eigentlich einfach: Panoausgabe mit Maskenebenen, und in Photoshop wie gelernt bearbeiten.
Es wäre schön, wenn jemand den Teil erklären könnte, den ich ausgespart habe.