Freihand und 360° ist ein Problem. Mit Sicherheit gibt es Parallaxen-Verschiebungen. Wenn das "dumme" Programm nun Kontrollpunkte im Vordergrund und im Hintergrund findet, geht es zwangsläufig von falschen Vorgaben aus. Brennweite und Verzerrungen werden falsch berechnet, und daraus resultiert ein unpassender Vollkreis.
Ich habe selbst noch nicht mit Hugin gearbeitet, könnte mir aber gut vorstellen, dass man die Brennweite manuell etwas verändert. Das sollte sich auf die Breite der Einzelbilder auswirken.
Alternativ kannst Du alle Kontrollpunkte auf Vordergrundmotiven löschen, und manuell neue auf Hintergrundmotiven setzen. Dadurch wird der Parallaxenversatz bestmöglich umgangen. In Vordergrundmotiven sieht man dann natürlich Stitchingfehler, die aber eigentlich Aufnahmefehler sind.
Um diese Probleme zukünftig zu vermeiden, solltest Du einen Nodalpunktadapter verwenden!