Das ist ein Standard-Verfahren. Man kann die Belichtungsreihen einfach in verschiedene Ordner einsortieren und die entsprechenden Bilder gleich benennen. Das mache ich mit einem Benennungstool per Droplet. Die Belichtungsreihen müssen natürlich wirklich gleich und komplett sein, mit Fernbedienung aufgenommen.
Dann braucht man nur einen Ordner zu stitchen - am besten den hellsten. Das erstellte Projekt in die anderen Ordner kopieren und per Batch rendern lassen.