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Hallo Daniel,
das ist eine schwere Frage.
PTGUI, Hugin und ander "Panotools- GUI" sind beliebt, weil vieles damit machbar und viel Eingriffsmöglichkeiten bestehen.
Die "Lernkurve" ist jedoch lang und auch selbst absolute Profis haben schon mal ein Pano gehabt, das sich mit Autopano stitchen lies während PTGUI einen wahnsinnig macht.
Autopano ist halt anders. Es macht vieles automatisch und hat bei weitem nicht so viele Eingriffsmöglichkeiten.

Woraus besteht denn dein Kameraequipment ?
MW kann Autopano mit Fisheyes nicht ganz so gut umgehen (ältere Versionen gar nicht) - PTGUI schon immern.

Löcher: dann musst du dein Equipment einrichten:
will heissen: welches Objektiv ? - Wieviele Bilder brauche ich ? - Welche Geometrie (Reihen und Winkelung)?
In der Regel hat man dann soviel Bildinformationen das sich eigentlich keine größeren Löcher bilden.
Wenn doch: da wird überall heftigst retuschiert, Kugeln und Logos eingesetzt usw.

Mit PTGUI/Hugin/PTAssembler bist du sicher auf einem guten Weg - musst allerdings ein paar Hausaufgaben machen.

Realviz hat ein völlig anderes Bedienkonzept. ME  deutlich eleganter - kostet aber auch mehr.
Da gibt´s hier genug User, die Realviz benutzen.

Das blauer-Himmelproblem löst automatisch am besten Autopano Pro. Zuerst ein automatisches Stichen durchführen und dann manuell die nicht stitchbaren Himmelsbilder ungefähr an die Stelle rücken, wo sie hingehören. Man muss sich an der unterliegenden Reihe orientieren und die Bilder dann entsprechend der Nummerierung in den höheren Reihen positionieren. Die Sonne gibt einen zusätzlichen Anhaltspunkt.

In Realviz Stitcher ist diese manuelle Herangehensweise quasi zentral eingebaut, da gelingt das am besten. Leider sind die Resultate des automatischen Stitchs, mit dem man ja anfängt, IMHO wesentlich schlechter als bei Autopano Pro.

PTGui ist für die manuelle Arbeitsweise nicht gut geeignet.