Du benutzt die automatische Align-Funktion, richtig? Wenn du Strukturen im Deckenbereich hast, erfasst die Funktion auch das Deckenbild. Manchmal reicht der Automatik das aber nicht, z.B. wenn du viel Himmel hast und nur ein paar Kirchtürme am Rand hineinragen. In den meisten Fällen hilft es, im Reiter "Image Parameters" die groben Werte vorzugeben (also z.B. Roll +90 für das Deckenbild, falls die normalen Bilder auf 0 gesetzt sind, entsprechend -90 für das Bodenbild). Das kannst du natürlich auch über das Editor-Fenster machen, ich finds einfacher, die Werte numerisch einzugeben, aber das ist Geschmacksache. Dann Align Images und es sollte klappen. Wenn immer noch nicht, einige wenige Kontrollpunkte manuell nachrüsten und erneut optimieren.
Leg dir vielleicht ein template auf der Grundlage eines Raumes an, der überall Strukturen aufweist. Immer mal wieder die Orientierung der Sets überprüfen, die du später einliest und damit behandelst. Manchmal greift man zu einem anderen Konverter oder ballert z.B. automatisch kameraorientierte statt nicht orientierter Bilder rein und schwups hat PTGUI ein Problem damit, die falschen Vorgaben richtig zu verdauen. Wenn du PTGUI machen läßt, macht es seine Sache eben gut, wenn du eingreifst, kann es sie _sehr_ gut machen ... oder eben total daneben :-)
Michael