Entschuldige, ich verstehe nicht ganz was du möchtest. Aber nach Jürgens' Post möchtest du anscheinend, dass bestimmte Bereiche die in einem Foto auftauchen auch im späteren Pano zu sehen sind und nicht "zer-blendet" werden, da sie in der Überlappungszone liegen, richtig?
Wenn du Photoshop hast ist das sehr einfach. Du kannst in PTGui als Exportformat PSD oder PSB wählen und bei Layers "Blended and Layers". PTGui legt dir dann ein PS-Dokument an, dass das Pano mit den einzelnen Fotos und Ebenenmasken enthält, die man dann sehr einfach bearbeitet kann. mMn eine SEHR wichtige Funktion.

Hier wird das ganze genauer erklärt:
PTGui Page
Gruß,
WALL*E