Hmm, leider kenne ich Panoramastudio nicht. Deshalb kann ich nur sagen, wie man es in PTGui macht. Für das Zenitbild gibt es nicht immer Kontrollpunkte, deshalb maskiert man alles, was kein Himmel ist, und schiebt das Bild manuell an seinen Platz, so dass die Sonne etwa da steht, wo sie hingehört, und die Helligkeitsverteilung plausibel ist.
Das sollte in jedem Stitchprogramm so gehen. Welche Schritte man dazu ausführen muss, mag durchaus unterschiedlich sein.