Die Sonnenstrahlen sind ja nicht faktisch vorhanden, sondern sie entstehen an den Blendenkanten Deines Objektivs. Das bedeutet, dass sie keinen Motivinhalt abbilden, der nahtlos stitchbar ist.
Da hilft nur eins:
Achte beim Fotografieren schon darauf, dass die Sonne samt Blendenstrahlen komplett auf EINEM Bild vorhanden ist. Dann ist das Maskieren in PTGui gar kein Problem.
Der gleiche Tipp gilt auch für andere Motive, z.B. lange Kondensstreifen am blauen Himmel. Der kann üblicherweise auch nicht gestitcht werden, weil er während mehrerer Belichtungen nicht raumstabil bleibt.